朱温寡不敌众，无奈之下，只好凿沉了船只，以免粮食重新落入唐军之手。王重荣大怒，便挥师重重围住了同州城。朱温突围不成，只好派人向长安的黄巢求援。可是求援的奏章照旧被主政的孟楷扣住，黄巢对此一无所知。
朱温当初参加农民起义军，并没有远大的理想，而仅仅是出于一种图富贵、出人头地的私心，为的是日后做官衣锦还乡，以此“回报”邻里对他的鄙视与轻蔑，以娶到他朝思暮想的张氏。朱温坐困孤城，无法旷日持久，处境日益困难，他的内心开始动摇。
中和二年（882年）正月，唐宰相王铎被任命为诸道行营都统，负责组织发动对黄巢农民军的进攻。四月，王铎率领两川、兴元之军进驻灵感寺，泾原军屯京西，易定、河中二军屯渭北，邠宁、凤翔二军屯兴平，保大、定难二军屯渭桥，忠武军屯武功，唐官军再次包围了长安。形势对黄巢极为不利。并且因为多年战乱，百姓多躲避深山筑栅自保，农事俱废，长安城中米价大涨。黄巢不得不率农民军艰苦奋战。五月，分兵出击兴平，驻兴平部宁军、凤翔军退屯奉天。七月，派尚让攻取宜君寨（今陕西宜君），恰遇大雪盈尺，农民军冻死十之二、三。农民军已经开始呈现“兵势日蹙”的势态。
这一切，朱温自然都看在眼里。
朱温谋士谢瞳是个落第举子，之前曾与韦庄结伴逃出黄巢治下的长安，半路被朱温手下抓获，就此投靠了朱温。谢瞳乘机劝朱温降唐，说：“黄巢起家于草莽之中，只是趁唐朝衰乱之时才得以占领长安，并不是凭借功业才德建立的王业，不值得您和他长期共事。现在唐朝廷已经调集四方军队，围困住了黄巢，他这个皇帝不会当得太久，而唐朝廷的力量却愈来愈强大。我们当下处境困难，黄巢又不派兵援助，你要考虑自己的出路呀。”朱温还在犹豫。谢瞳又进一步劝说道：“将军力战于外，而庸人制之于内，此章邯所以背秦而归楚也。”（《新五代史·卷一·梁本纪》）朱温看谢瞳说得句句在理，正合自己的心意，为了生存，为了自己的前途，终于下定决心投降唐朝。他先杀了黄巢派的监军严实和反对投降的大将马恭，向自己的对手王重荣投降了。
黄巢的败亡（2）
王重荣没有想来朱温会主动来投降，喜出望外。唐忠武军监军杨复光认为朱温情非得已才投降，难于取信，主张杀了朱温。王重荣却不同意，说：“朱温的投降对朝廷很有利，杀了他就会绝了黄巢手下大将归附朝廷之路。”于是马上任命朱温为同州、华州节度使，并且写了奏表，派谢瞳到成都送给唐僖宗。僖宗看了奏表后十分高兴，似乎看到了复兴祖业的希望之光，兴奋地说：“这是上天送给我的厚礼！”封朱温为左金吾卫大将军，充河中行营副招讨使，并赐名为朱全忠。这时候，僖宗根本想不到，后来朱温并没有完全忠于他，忠于唐朝，就像原来没有忠于黄巢、忠于大齐一样，唐朝的江山社稷就是被这个朱全忠给夺了去。
在农民起义军与唐军对峙的关键时期，朱温降唐严重削弱了农民军的力量。他镇守的同州全境归唐朝廷所有后，长安东面的屏蔽尽失，农民军所占领的长安受到严重威胁。而朱温降唐还有更深远的影响，由于朱温受到了唐朝廷的重用，大大动摇了农民军的军心，对一些农民军将领产生了分化和影响，之后，农民军将领叛变时有发生。而朱温自己，由于受到唐朝皇帝的重用，就在被赐名为朱全忠以后，特别卖力地为唐朝效命。可以说，朱温降唐使双方的对峙形势发生了逆转。
朱温变节降唐后，农民军镇守华州的华州刺史李详也欲投降唐朝廷，结果被监军抢先告发，黄巢杀死李详，任命黄思邺（黄巢弟）为华州刺史。但华州的驻军都是李详旧部，黄思邺上任不到两个月，就被李详旧部赶走。李详旧部共推华阴镇守使王遇为主，王遇便以华州投降了王重荣。农民军的士气再一次受到严重打击。
此后不久，沙陀李克用大军到达河中，与黄巢农民军隔河相望。李克用当时二十八岁，少壮好胜，时人称为“独眼龙”。沙陀部兵将都穿黑衣，十分彪悍，人称“鸦军”。
李克用到达河中后，形势极度微妙。唐官军自从高浔一战吃了败仗后，对农民军十分畏惧，不敢轻易出战。虽然各地勤王军渐至，但都不敢与农民军交锋。而沙陀军骁勇善战，威名远扬，连农民军也十分畏惧，说说：“鸦军至矣，当避其锋。”（《资治通鉴·卷二百五十五》）李克用沙陀军身穿黑衣，被人称为“鸦儿军”。由此，千里南下的李克用沙陀军对于唐朝廷和长安城中的黄巢都是关乎生死存亡的一支重要军事力量。双方都想拉拢争取这支有生力量，因此展开了激烈的明争与暗斗。唐朝廷授李克用为东北面行营都统，黄巢也派遣使者，赐李克用重金、诏书，着意笼络。
显然，李克用并不是唐朝的忠臣。之前已经与唐朝廷摩擦至兵戈相见，他北逃到达靼，便是因为被唐朝廷打败，在中原无处容身。而得到僖宗诏令后，南下途中即与河东节度使郑从谠交恶，以致他武力占领了忻州代州，行径与再次背叛唐朝并无区别。此次南下，李克用当然是有自己的目的。他才二十八岁，正是精力充沛，意志昂扬的少壮年华。他有自己的雄心，要争取他自己的利益。现在这个时刻，是个关键时刻，他面临抉择，在唐朝廷与农民军之间，他必须选择一方，但这一方必须是有利于他本人的利益最大化。
这时候，对黄巢而言，其实也是一个难得的机会。倘若黄巢能为大齐政权争取到李克用，无异于平添一员猛将，如虎添翼，对唐朝廷则是巨大的打击。十分可惜的是，黄巢没有把握住这次机会。
之前，李克用的弟弟李克让在京师担任宿卫，并在长安亲仁坊有赐第。表面上看来，这是唐朝廷的恩赐，但实际上李克让却是充当沙陀部的质子。乾符五年（878年），唐朝廷讨伐李克用父子时，派王处存率兵围捕李克让。李克让只率十余骑突围而出。王处存千余人追赶至渭桥。李克让射杀百余唐官兵，追兵不敢逼近。李克让从容逃脱，返回雁门。僖宗即位后，对李克用采取招抚政策，李克让再次入质长安。黄巢进长安时，李克让因躲避农民军藏往南山佛寺。寺里的僧人见李克让等人手持兵器，以为对方是强盗，于半夜潜入房中杀害李克让。李克让的仆人浑进通逃脱，到长安投降了黄巢。黄巢知道这件事后，派人抓获南山佛寺的僧人十余名，连同丰厚的礼物，一起送到李克用面前。
李克用此时才知道弟弟李克让已死，十分悲痛。他杀死了黄巢送来的南山佛寺僧人，将礼物分给部下将领，而将黄巢的诏书当着使者的面烧毁，以示自己与农民起义军势不两立。然后带领大军从夏阳过河，在同州安设军营。
黄巢的本意是要讨好李克用，所以送上了杀弟仇人。他显然不了解李克用的雄心，倘若他送上的是半壁江山的承诺，或许换来的将是完全不同的结果。
在李克用沙陀军到达之前，农民军和唐官军一直处于胶着状态，双方因为消耗过大，日子都很不好过，缺兵少粮。在无可奈何的情况下，农民军和官军竟然暗中交易，易人而食。在这样的状况下，双方军队都没有什么战斗力可言。这也是为什么唐朝和大齐政权双方都极力争取李克用沙陀军的根本原因。
李克用沙陀军加入战团后，接连打败农民军，成为中原的风云人物，风头一时无二。黄巢见农民军节节败退，长安城中粮食不济，便“阴为遁计，发兵三万搤蓝田道”，为撤离长安做好准备。
僖宗中和三年（883年）四月，唐诸镇兵从四面八方合围京师。李克用率先出战。黄巢率大军于渭桥迎战，一日三战，连战失利，其他诸道兵也乘机发起攻击，农民军大败。四月初八，李克用军攻入长安，黄巢力战不胜，遂连夜撤离长安。此时，距离他第一次占据长安两年零四个月。
两年零四个月中，不开财源，不追穷寇，龟缩城中，城外即是一天一天准备充分的敌人，黄巢到底在想什么？
黄巢此时的心情，应该是相当无奈的。但他并没有对长安产生太多的留恋。他年轻时为之赞叹为之仰慕的城市，起兵后经过迂回曲折的南下和北伐才拥有的城市，此时已经破败不堪，荆棘满城，狐兔纵横。曾经繁密的人口也所剩无几，为数不多的幸存百姓无不惶恐不安，人心游离。连黄巢自己都难以置信，这还是那座伟岸的城市吗？这时候，他感觉理想已经远离他而去了。于是，在离开前，恼羞成怒的他为这个城市做了最后一件事，下令焚毁宫室。滔滔烈火，烧尽了长安最后一点繁华。
而雪上加霜的是，沙陀兵和唐军进入长安后，更加疯狂地烧杀抢掠，造成“长安室屋及民所存无几”的悲惨景象。倘若黄巢看到，大概绝对不会发誓再回这座梦想之城……
黄巢的败亡（3）
在黄巢与唐朝廷的对抗中，有两个关键人物给了他致命的打击，直接加速了农民军的失败，一个是前面提到的朱温。朱温的背叛对农民军一方影响很大。另外一个关键人物就是沙陀少帅李克用。关于沙陀的来历和与唐朝的根源，前面在《满城尽带黄金甲》一篇中已经讲过。可以说，在黄巢败亡前后，朱温和李克用在相当程度上左右了中原的局势。
黄巢虽然败出长安，但手下农民军还有十五万人，实力不减。他为了麻痹唐官军，事先扬言要奔徐州，实际上却经蓝田关进入了商山（今陕西商县东）。